Ένα άλλο μεγάλο τμήμα Αρμενίων προσφύγων που κατέφυγαν στην Ελλάδα, μετά τη Γενοκτονία και την Μικρασιατική καταστροφή, εγκαταστάθηκε στην Κοκκινιά (νυν Νίκαια). Οι ανάγκες των πιστών καλύφθηκαν αρχικά σε νοικιασμένο κτίριο που λειτουργούσε παράλληλα και ως σχολείο. Το 1929 αγοράστηκε η έκταση και τα επόμενα χρόνια αναγέρθηκε ο ναός για να λειτουργήσει τελικά το 1933, ενώ η πλήρης αποπεράτωσή του έγινε το 1939.